اقتباس‌های فیلم بر اساس مجموعه‌هایی که لی ساخته بود بسیار موفق بودند. X-Men (2000) و Spider-Man (2002) حق امتیاز پرفروشی را راه اندازی کردند که میلیاردها دلار درآمد گیشه در سراسر جهان به دست آورد.
دیگر ساخته‌های لی که مورد اقبال هالیوود قرار گرفتند: Daredevil (2003)، هالک (۲۰۰۳) و Iron Man (2008) است. لی اغلب در نقش‌های کوتاه در آن فیلم‌ها ظاهر می‌شد، سنتی که پس از خرید مارول توسط دیزنی در سال ۲۰۰۹ ادامه یافت.
از جمله فیلم‌هایی که بر اساس ساخته‌های لی-کربی بعداً ساخته شد: ثور (۲۰۱۱)، انتقام‌جویان (۲۰۱۲) و مرد مورچه‌ای (۲۰۱۵) را می‌توان نام برد.
در نوامبر ۲۰۰۲ لی پس از عدم دریافت سود از اولین فیلم مرد عنکبوتی، ده میلیون دلار علیه مارول شکایت کرد و در سال ۲۰۰۵ دادگاه به نفع لی رای داد.
لی علاوه بر کارهایش در رسانه های دیگر، کتاب هایی درباره کمیک و زندگی خود نوشت. آثار منتشر شده او عبارتند از Origins of Marvel Comics (1974)، Excelsior!: The Amazing Life of Stan Lee (2002) و Stan Lee and the Rise and Fall of the American Comic Book (2003). در سال ۲۰۰۸ به او مدال ملی هنر اعطا شد.
با این حال، پس از این موفقیت اولیه، این شرکت با چندین پرونده قضایی و اتهامات فساد مواجه شد. در فوریه ۲۰۰۱ شرکت اعلام ورشکستگی کرد. شرکا شرکت را در سال ۲۰۱۷ فروختند.
در نهایت نقش او در مارول به عنوان رئیس بازنشسته تبدیل شد. شرکت جدید لی با اولین پروژه خود، یک سریال آنلاین متحرک به نام ۷th Portal، که بیگانگانی را که از طریق «هفتمین پورتال» – اینترنت – وارد زمین می‌شوند، به خوبی عمل کرد.
کار و مشارکت بعدی لی در دنیای سینمایی مارول پس از نزدیک به شصت سال کار برای مارول به عنوان رسمی، پیگیری پروژه های دیگر بود و در سال ۱۹۹۹ او Stan Lee Media، یک شرکت سرگرمی اینترنتی را که بر اساس خلاقیت‌هایش ساخته شده بود، تشکیل داد.

او سال‌ها داستان های مصور ساده عمدتاً با موضوع جنایی، ترسناک و وسترن را برای خوانندگان جوان تولید می‌کرد. بسیاری از شخصیت‌های آفریده شرکت “مارول” در دوران خود عرف شکن بودند. از جمله “بلک پنتر” (پلنگ سیاه) اولین ابرقهرمان سیاهپوست بود که در آمریکا مطرح می‌شد. او در ۱۲ نوامبر ۲۰۱۸ در لس آنجلس، کالیفرنیا درگذشت.